به صورت کلی فیستول در نتیجهی یک اتصال غیر نرمال میان دو ارگان یا دو سطح و بافت بدن به وجود میآید. در فیستول مقعد این اتصال بین دیوارهی مخاطی درون کانال مقعد و پوست نزدیک مقعد ایجاد میشود که به شکل یک تونل کوچک باریک غیر طبیعی در پایان راست روده ظاهر خواهد شد که به سطح خارجی پوست باز میشود.
برای درک بهتر فیستول مقعدی آشنایی با حالت طبیعی کانال مقعد لازم است. کانال مقعد در پایانیترین مسیر دستگاه گوارش در حد فاصل دو دریچهی حلقه مانند عضلانی به نام دریچهی داخلی و خارجی مقعد قرار گرفته است. دریچهی داخلی از جنس عضلات صاف و غیر ارادی و دریچهی خارجی از عضلات اسکلتی و تحت کنترل ارادی تشکیل شده است. این دو عضله با هم میتوانند کانال مقعد را حمایت کنند. ما بین این دو دریچه، غددی قرار گرفته است که غددی مقعدی نام دارند و ترشحات خود را به درون کانال مقعد تخلیه میکنند. در صورتی که خروجی یکی از این غدد مسدود شود منجر به عفونت و چرک خواهد شد.
در نهایت فیستول مقعدی در نتیجه این عفونت در نزدیکی مقعد و تجمع چرک در بافت نزدیک آن ایجاد میشود. چرک میتواند یک کانال کوچک در پشت سر خود بر جای بگذارد و به سطح پوست گسترش یابد. فیستول مقعد در افرادی با سابقهی آبسه مقعدی که به درستی بهبود نیافته است، رخ میدهد. چرک و حتی ترشحات مدفوعی نیز میتوانند از این کانال کوچک خارج و در سطح پوست رویت شوند. عفونت ناشی از آبسه میتواند در کل بدن نیز پخش شود.